Het kan voorkomen dat er bij concentratiemetingen, een meting beneden de detectie- of kwantificeringslimiet wordt gedaan. Dit betekent niet dat de inrichting de stof niet emitteert of dat haar jaaremissie de drempelwaarde voor rapportage niet overschrijdt. Op nationaal niveau zijn afspraken gemaakt over het omgaan met concentratiemetingen beneden de detectielimiet bij de bepaling van jaarvrachten in het kader van de PRTR-rapportage.

In de het Europese Reference Document on the General Principles of Monitoring worden vijf opties gegeven voor het omgaan met concentratiemetingen beneden de detectiegrens bij het berekenen van een emissie. In het kader van het Integraal PRTR-verslag is ervoor gekozen dat in de berekening van de jaarvracht, er voor concentratiemetingen beneden de detectie- of kwantificeringslimiet de waarde nul voor deze meting mag worden genomen.

Er moet wel rekening mee worden gehouden dat er conform de E-PRTR-verordening, er bij de bepaling van de jaarvracht gebruik wordt gemaakt van de best beschikbare informatie. In het Europese Richtsnoerendocument wordt ten aanzien van metingen onder detectiegrens en bepaling/rapportage jaarvracht het volgende opgemerkt:

"Indien de concentraties in de uitstoot beneden de detectie- of kwantificeringslimieten liggen, betekent dit niet altijd dat de drempelwaarden niet zijn overschreden. Wanneer bijvoorbeeld door een inrichting grote hoeveelheden afvalwater of afzuiglucht worden gegenereerd, kunnen de verontreinigende stoffen tot beneden de detectielimiet worden "verdund", ook al wordt de jaarlijkse drempelwaarde voor de belasting overschreden. In dergelijke gevallen kan de uitstoot onder meer worden bepaald via meting dichter bij de bron (bijvoorbeeld meting van deelstromen voordat deze een centrale zuiveringsinstallatie bereiken) en/of raming van de uitstoot, bijvoorbeeld op basis van de percentages verontreinigende stoffen die in de centrale zuiveringsinstallatie worden verwijderd."

Bovenstaande quote uit het Europese Richtsnoerendocument betekent dat er voor de rapportage moet worden uitgegaan van een andere bepalingswijze van de jaarvracht zoals een schattingsmethodiek of berekening met emissiefactor als hiermee de jaaremissie beter kan worden bepaald dan de methode gebaseerd op metingen. In het kader van alleen PRTR kunnen geen extra meetverplichtingen opgelegd worden.